Die Insel ist seit etwa 2.000 Jahren bewohnt. In der Nähe von Betina wurden die Überreste einer illyrischen Siedlung gefunden, die einst den Namen Colentum trug. Dokumenten zufolge wurde Murter 1293 als »Villa Magna« (Großes Dorf) bezeichnet. Belege weisen ebenfalls darauf hin, dass es im 13. Jahrhundert zwei Siedlungen auf der Insel gab - Jezera und Veliko Selo, Srimač (heute Murter). Eine Aufzeichnung aus dem Jahre 1318 führt die Bezeichnung Mortari für Murter auf. Die Orte Betina und Tisno wurden zum größten Teil im 15. Jahrhundert zur Zeit der osmanischen Eroberungen erbaut. Durch einen erheblichen Flüchtlingszustrom vom Festland auf die Insel stieg damals die Bevölkerungszahl der Insel.